在教會歷史中，大公會議產生的一個根本原因就是因為教會要面對異端的攪擾。我們今天就說說異端。
聖經中 「異端」這個詞在希臘文原來的意思是「選取」，為自己「拿起來」。這是說，某人是照自己的意思，選擇他所接受的信仰，不接受不合他心意的。這就是使徒保羅在宣教過程中不斷鬥爭的問題。使徒保羅這樣寫到「假如有人來，另傳一個耶穌，不是我們所傳過的；或者你們另受一個靈，不是你們所受過的；或者另得一個福音，不是你們所得過的； ……那等人是假使徒，行事詭詐，裝作基督使徒的模樣。……他們的結局必然照著他們的行為。（哥林多後書11：4-15）」以及「那並不是福音，不過有些人攪擾你們，要把基督的福音更改了。但無論是我們，是天上來的使者，若傳福音給你們，與我們所傳給你們的不同，他就應當被咒詛。（加拉太書1：7-8）」根據使徒的教導，教會對異端的描述通常是這樣的「異端的共同點，是對於被視為正統基督教的道理並非完全反對，但卻把這些道理擴大或者縮小解釋，並視之為真理的全部。其解釋方式或推論，甚至可能將《聖經》所主張的真理摒棄。信奉異端道理的人可能被誤認或自視為基督徒，卻奉行或宣揚《聖經》以外的啟示。他們歪曲了傳統信條和聖經經文的意義，只使用符合其立場的部分。」異端和異教是不同的，異教指的是個宗教系統與聖經或耶穌無關（例如佛教或印度教）；而異端則是引用聖經，談論耶穌，甚至自稱是基督徒，但是他們的神學思想有錯誤（例如摩門教和耶和華見證人）。可以說，異端是教會內部的事情，是對基督教真理的真與假的辯論。也正是因為這樣，異端的判定都是由大公會議做出的。
那麽具體來說，在歷史中，有哪些基本真理的分歧會形成異端呢？
首先就是聖經的權威。有些人認為除了聖經以外，還有另外的權威。比如說摩門教會有《摩門經》。也有人聲稱聖經是唯一權威，但是卻需要重新解釋，比如說耶和華見證人。另外的也有要用自我認知的方法比如說心靈感受或者幻象來解釋聖經，這就是否認了聖經解釋的歷史傳承，典型的就像統一教和某些極端的靈恩教派。
其次就是對神三位一體的認識。異端或者不相信聖父、聖子、聖靈的三位一體，把三個位格獨立開，或者不承認聖子聖靈的位格，把他們當作虛幻的，是聖父的另外一種體現。耶和華見證人就是很明顯的不承認聖子也是三位一體的神，他們認為神只有一個，就是聖父。對三位一體認識不清的是延續了歷史中的亞流主義，幻影說，以及神格唯一論等觀念。而第一次和第二次大公會議及後來的尼西亞信經就是針對這樣的異端思想的。
同樣的就是對基督的位格的認識。就是不承認基督既是神，又是人的神人二性。他們或者承認基督是神，或者承認基督是人，但是不承認這兩者同時在耶穌基督身上出現。比如說古代的「嗣子論」，認為基督是一個人，不過被神接納，領養成為神；聶斯托留主義把基督的人性和神性分開…
其他的還有否認聖靈的神性，把聖靈當成一種感覺，有這樣思維的是古代的諾斯底主義和今天的新紀元運動，他們強調個人的感受，認為人與「靈」有神秘的溝通，這樣靈就可以給與啟示，還有否認人的原罪以及救恩的途徑，還有否認教會的歷史，強調只有自己才是真教會，還有亂解聖經的，聲稱耶穌已經來了，或者自己就是基督…
總而言之，異端不過是因為人的私欲和驕傲被魔鬼誘惑，排斥神的啟示和聖靈所帶領的教會傳承，為自己去樹立一個「神」，那是一種來自人的「腦補神學」。但是這種錯誤的神學卻非常能迎合人的心理，所以我們需要警醒堅守正確的信仰，記住神的警告，「從前在百姓中有假先知起來，將來在你們中間也必有假師傅，私自引進陷害人的異端，連買他們的主他們也不承認，自取速速的滅亡。（彼得後書2:1）」做一個真正的基督徒。