(接上期）另外，政教分離也強調宗教信仰自由，就是每個個人有權自由選擇或拒絕宗教信仰，政府不得強制要求公民接受任何宗教觀念。這意味着即使在一個普遍基督教的社會中，居民也有權利不信基督教—他可以選擇任何一種宗教或者選擇不信任何宗教。
第三個特點就是教會和政府是相互獨立的機構。宗教機構有自主權，不受政府的過度干預，但也不能凌駕於法律之上。政府不干預宗教組織的內部事務，例如教義、儀式或成員管理。宗教組織也不能干涉國家的政策制定或行政管理。我們今天可能會覺得這樣的政策很正常。其實在歷史中並不是這樣。政教合一這樣的情況在西方世界中曾經是很普遍的事情：在歷史中，歐洲國王的加冕禮必須要由當地的主教主持，這是顯明這位國王是得到教會支持的。教會在這些國家享有特權，在很多層面上，教會和政府根本就是一體的。比如我們今天熟悉的梵蒂岡，教皇依然是國家政府法律上的最高首領，英國國王依然是聖公會的大主教，今天美國總統就職要手按着聖經宣誓，其實是一個道理。政教分離的原則從法律根本上杜絕了這樣的情況。教會和政府互不隸屬，也無權彼此干涉。這也是為什麼前幾十年當美國政府決定聖經不能出現在公立的學校時，教會是無權反駁的。
那麼我們的問題是，為什麼早期的基督徒領袖會為自己設立這樣的自我受限的「枷鎖」呢？
從非信仰的角度來看，政教分離的主要目首先是防止宗教壓迫。歷史上，宗教和政治結合往往導致宗教迫害（如中世紀的宗教裁判所），政教分離可以保護不同宗教信仰者以及無信仰者的權利。在一個多元宗教社會中，政教分離可以避免政府偏袒某一宗教，從而維護社會公平和諧。事實上這也是一種宗教自由，對基督教會來說，這樣的政策在保護其他宗教的同時，也保護了基督教會的利益。其次，政教分離可以更有效的維護政府權威的世俗性，確保政府的決策基於公共利益而非宗教信仰，保障法律對所有人的平等適用。在政教分離的原則之下，法律不能基於某一宗教教義，而是要體現普遍的道德和正義標準。政治候選人也不能以特定宗教身份謀求特權，政治不應服務於某一宗教利益。
從更深的層次來說，政教分離是一種對教會的保護。從教會歷史的經驗來看，信仰必須是一種發自人內心的追求，不是在任何的外在的誘惑或者壓力下的無奈的選擇。但是如果政教一體，有一種行政權力來限制人「必須相信」，那結果必然是造就一批徒有其表的信徒、假信徒，那就是給教會這個群體買下了一顆顆的「定時炸彈」，在無形中緩慢的從教會內部瓦解了這個信仰群體。所以，為了避免這種情況，最正確的做法當然就是「愷撒的歸給愷撒，神的歸給神」，就是政府和教會在功能上分開，互不干涉。讓教會成為教會，讓基督徒成為真正因為信心而跟隨神的人。教會沒有政治層面的特權，基督徒也不會從信仰中得到世俗世界上的額外的好處，這就避免了「別有用心」的人污染了教會的純潔。
所以，政教分離並不等於反宗教，也不是要求人們拋棄信仰。這是對宗教和世俗社會提供雙向保護。從歷史的實踐看來，政教分離政策也的確起到了最起初設計這個政策的目的，保護了教會不被污染和侵擾。